Danzō utilizando Izanagi.
El Elemento Yin-Yang (阴阳遁, Onmyōton) es un elemento en el cual se utilizan los elementos Elemento Yin y Elemento Yang al mismo tiempo. Yin se refiere a la propia energía espiritual y Yang a la energía física. El Sabio de los Seis Caminos fue el primer ninja en utilizar este tipo de naturaleza con la cual pudo formar el jutsu llamado Izanagi, permitiéndole "crear" cosas de la nada o dar vida a lo que creaba. Según Yamato este tipo de chakra es utilizado como base en algunos jutsus no elementales como: el Jutsu de Posesión de Sombra, la Técnica de Crecimiento del Clan Akimichi, el Ninjutsu médico y el Genjutsu.
Se da entender que la transformación del Yin y el Yang se refiere a la alteración de la cantidad de energía física y mental del chakra. Según lo explicado por Shikamaru sobre los gusanos fantasma de Tayuya, es que dichas bestias son formas de chakra espiritual que se alimentan de la energía física de sus oponentes para poder mantenerse estables. También se sabe que una de las tantas creaciones del Sabio de los Seis Caminos son las nueve Bestias con Cola.